MS યુનિવર્સિટી અનેક વાર વિવાદમાં આવતી રહેતી હોય છે. કારણ કે તાજેતરમાં જ MS યુનિ.ની ફાઈન આર્ટસ ફેકલ્ટી હિન્દુ દેવી દેવતાઓના અશોભનીય કટાઉટ ડિસ્પ્લે કરાયા બાદ ABVP, હિન્દુ સંગઠનો અને ફાઈન આર્ટસના વિદ્યાર્થીઓ વચ્ચે મોટી બબાલ થઇ હતી. હવે તાજેતરમાં VCની ચેમ્બરમાં જતાં પહેલાં મોબાઈલ બહાર મૂકવા ફતવો પડાયો છે. VCની ચેમ્બરની બહાર ટ્રે મૂકી સૂચના સાથે બોર્ડ મૂકવામાં આવ્યું છે. ઑફિસમાં મીડિયાને પ્રવેશવા પર પણ પ્રતિબંધ લગાવી દેવાયો.
આજ દિન સુધી યુનિ.ના ઇતિહાસમાં આ પ્રકારનો નિર્ણય કોઈ વીસીએ લીધો નથી. યુનિવર્સિટી હેડ ઓફિસ ખાતે હથિયારી જવાન પણ તૈનાત કરાયા છે. હેડ ઑફિસમાં મીડિયાને પ્રવેશવા પર પણ પ્રતિબંધ લગાવી દેવાયો છે. વીસી કે રજિસ્ટ્રારની ઑફિસ સુધી કોઈને પણ નહીં જવાના આદેશ અપાયા. નોંધનીય છે કે, યુનિવર્સિટીના સત્તાધીશોના તકલઘી નિર્ણયનો ચારે તરફ વિરોધ થઇ રહ્યો છે. સેનેટ સભ્ય નિકુલ પટેલે આ નિર્ણયનો વિરોધ કર્યો છે.