એસઆઇટીની વિશેષ અદાલતે 1 માર્ચ 2011ના રોજ આ મામલામાં 31 લોકોને દોષિત ઠેરવ્યા હતા. જયારે 63 દોષિતો છોડી મુકયા હતા. 11 દોષિતોને મોતની સજા સંભળાવવામાં આવી હતી. જયારે 20ને આજીવન કેદની સજા ફટકારવામાં આવી હતી. બાદમાં હાઇકોર્ટમાં અનેક અપીલો દાખલ કરી દોષ સિધ્ધિને પડકારવામાં આવે, જયારે રાજય સરકારે 63 લોકોને છોડી મુકવાને પણ પડકારી હતી.
વિશેષ કોર્ટે ફરિયાદીઓની એ દલીલોને સ્વીકારી 31 લોકોને દોષિત ઠેરવ્યા હતા કે ઘટનાની પાછળ ષડયંત્ર હતુ. દોષિતોને હત્યા, હત્યાનો પ્રયાસ અને આપરાધિક ષડયંત્ર હેઠળ કસુરવાર ગણવામાં આવ્યા હતા. હવે જયારે ગુજરાતમાં ચૂંટણી આવી રહી છે ત્યારે ગોધરાકાંડ પર આવનારા આ ફેંસલાની રાજકારણ ઉપર અસર પડશે.