સ્ટેમ્પ ડયૂટી મૂલ્યાંકન તંત્ર પણ સ્ટેમ્પ ડયૂટીની આકારણી બરાબર ન કરતું હોવાનું અને નોંધણી ફીની ગણતરી પણ યોગ્ય રીતે ન કરતી હોવાથી ગુજરાત સરકારને રૃા. ૯૯.૯૮ કરોડનું નુકસાન ગયું છે. સ્થાવર મિલકતની બજાર કિંમત નિર્ધારણ કરવા માટે એન્યુઅલ સ્ટેટમેન્ટ ઑફ રેટ્સ-જંત્રીને લગતા ૧ કેસમાં રૃા.૯૨.૧૭ કરોડની ઓછી વસૂલી કરવામાં આવી હતી. દસ્તાવેજના ખોટા વર્ગીકરણને પરિણામે સરકારને રૃા. ૨.૫૧ કરોડનું નુકસાન કરાવ્યું હોવાનું કેગના અહેવાલમાં જણાવવામાં આવ્યું છે. ૨૩ કેસમાં રૃા. ૪.૦૪ કરોડની સ્ટેમ્પ ડયૂટી અને નોંધણી ફી ઓછી વસૂલી હોવાની હકીકત તરફ પણ કેગના અહેવાલમાં ધ્યાન દોરવામાં આવ્યું છે. અમદાવાદ કલેક્ટર કચેરી હેઠળ આવેલા દસ્તાવેજોમાં જંત્રીના દર પ્રમાણે સ્ટેમ્પ ડયૂટીની ગણતરી ન કરવામાં આવી હોવાતી ૧૧.૯૧ કરોડની આવકનું નુકસાન થયું હતું.
