કોડનાનીને ગુજરાત રમખાણો સાથે જોડાયેલ મામલે કોર્ટે દોષી કરાર કરતા 28 વર્ષ જેલની સજા સંભળાવી હતી. ફેબ્રુઆરીમાં તેમની તબિયત બગડી ગઈ. જેને કારણે તેમને હોસ્પિટલમાં દાખલ કરવા પડ્યા હતા.ગુજરાત હાઈક્રોટે જામીન સમય છ મહિના વધારવાની કોડનાનીની અરજી રદ્દ કરી દીધી હતી. પછી સુપ્રીમ કોર્ટે કોડનાનીને થોડી રાહત આપતા એક સપ્તાહ માટે જામીન આપી હતી.
કોડનાનીને 2007માં મહિલા અને બાળ વિકાસ મંત્રી બનાવ્યા હતા. એ સમયે નરેન્દ્ર મોદી ગુજરાતના મુખ્યમંત્રી હતા. માર્ચ 2009માં ધરપકડ થયા બાદ તેમને મંત્રી પદેથી રાજીનામુ આપ્યુ હતુ. નરોડા પાટિયા રમખાણ કેસમાં તેમને ઓગસ્ટ 2012માં સજા સંભળાવી હતી. જે 29 અન્ય લોકોને કોર્ટે દોષી કરાર આપ્યો હતો તેમાથી સાતને ઉંમરકેદની સજા સંભળાવી હતી. જેમા બજરંગદળના નેતા બાબુ બજરંગીનો પણ સમાવેશ હતો.
ઉમ્રકેદ શરૂ થતા પહેલા બધાને ધારા 326ના હેઠળ દસ વર્ષની સજા ભોગવવી પડશે. કોર્ટે અન્ય 22 દોષીઓને સામાન્ય 14 વર્ષની ઉમ્રકેદની સજા સંભળાવી હતી. 27 ફેબ્રુઆરી 2002ના રોજ ગોધરામાં ટ્રેનને સળગાય્વા પછી ગુજરાતમાં સાંપ્રદાયિક રમખાણો ભડક્યા હતા. રમખાણોમાં એક હજારથી વધુ લોકો માર્યા ગયા હતા. તેમાથી મોટાભાગના મુસ્લિમો હતા. એકમાત્ર નરોડા પાટિયામાં જ 95 લોકોની હત્યા થઈ હતી. સાક્ષીઓએ જણાવ્યુ હતુ કે વ્યવસાયે ડોક્ટર માયા કોડનાનીએ 95 લોકોની હત્યામાં મુખ્ય ભૂમિકા ભજવી હતી. માર્યા ગયેલ લોકોમાં 30 પુરૂષ 32 મહિલાઓ અને 33 બાળકોનો સમાવેશ હતો.