એમઆઈએમના અધ્યક્ષ અસદુદ્દીન ઔવેસીએ યાકુબની ફાંસી પર આકરો વિરોધ વ્યક્ત કર્યો છે. ઔવેસી આરોપ લગાવ્યો છે કે ધર્મને આધાર બનાવીને ફાંસી અપાઈ રહી છે. જો કે તેના પર આકરી પ્રતિક્રિયા આપતા ભાજપના નેતા શાહનવાજ હુસૈને જણાવ્યુ હતુ કે 1993માં મુંબઈ વિસ્ફોટમાં હિન્દુ અને મુસ્લિમ બંને કોમના લોકો માર્યા ગયા હતા અને ઔવેસીના આરોપ પાયાવિહોણા છે. તેમણે આ પ્રકારના મામલાઓ પર રાજનીતિ ન કરવા જણાવ્યુ હતુ.
1993ના મુંબઈ શ્રેણીબદ્ધ બોમ્બ વિસ્ફોટોમાં 257 લોકોના મોત થયા હતા. જ્યારે 700 વ્યક્તિઓ ઈજાગ્રસ્ત થયા હતા. આ ધડાકાઓનું કાવતરૂ ડી કંપનીના સર્વેસર્વા દાઉદે ઘડ્યુ હતુ અને ત્યારે વિસ્ફોટકોને પ્લાન્ટ કરવાની અને તે માટેની તમામ આર્થિક ગતિવિધિઓમાં યાકુબે સક્રિય ભાગ ભાજવ્યો હતો. તેણે આ વિસ્ફોટો માટે યુવાનોને પાકિસ્તાન ટ્રેનિંગ માટે મોકલવા વીઝા અને પાસપોર્ટની કામગીરી હતી.