કરુણાનિધિએ ત્રણ લગ્ન કર્યા હતા. તેમની પ્રથમ પત્ની પદ્માવતી બીજી પત્ની દયાલુ અમ્માલ હતુ. તેમનાથી તેને એક પુત્ર થયો જેનુ નામ એમ. મુથુ હતુ પણ કમનસીબીથી બન્નેનુ જલ્દી મોત થયુ. પછી તેમના લગ્ન દયાલુ અમ્મા સાથે થયુ જેનાથી તેમને ચાર બાળકો થયા એમકે સ્ટાલિન, એમકે અલાગિરી, એમકે તમિલરાસુ અને પુત્રી સેલ્વી દયાલુ અમ્માલના સંતાનો છે. તેમની ત્રીજી પત્ની રજતિથી પુત્રી કનિમોઝી છે.
